Problemi za tada novog rektora zagrebačkog Sveučilšta počeli su već na inauguraciji optužbama za rastrošnu svečanost, ali i pitanjem zašto je najveće hrvatsko sveučilište tada ispalo s liste 500 najboljih na svijetu.
“To je posljedica nekoliko loših odluka u prošlosti, ali i pada financiranja, ne može se napredovati. Dakle, mi smo došli među 500 nakon što smo osam godina financirali, to vam je tromi sustav koji nakon 6-7 godina reagira”, objašnjavao je tada Boras.
Za vrijeme njegovog mandata sustav je reagirao samo 2016. godine kada se Zagrebačko sveučilište nakratko vratilo među TOP 500, da bi lani opet ispalo s ljestvice. Boras se ispočetka uglavnom bavio financiranjem.
U njegovom mandatu promijenila su se čak četiri ministra obrazovanja. Prvi ozbiljnjiji problemi počinju spornim ugovorom između KBF i Filozofskog fakulteta, kojeg su jedni tumačili kao suradnju, a drugi kao spajanje.
Problemi rastu i na Hrvatskim studijima gdje Boras postavlja svog kandidata, koji nije bio prvi izbor tamošnjeg Vijeća. Pokušao se ukinuti i studij filozofije, a dio profesora brinuo se da je to pokušaj odmazde ministra Pave Barišića koji je prijavljen za plagiranje upravo s tog odsjeka.
Boras je u ime autonomije Sveučilišta čak tri puta dizao tužbe pred Ustavnim sudom, a jednom zbog saborskog Odbora za etiku koji je donio mišljenje da je upravo Pavo Barišić plagirao jedan od svojih znanstvenih radova. Dvije tužbe je i dobio.
Tužio je i medije, a posljednji put pokušao je – zbog jedne izjave medijima – tužiti i studenta vlastitog Sveučilišta od čega je pod pritiskom javnosti na kraju ipak odustao.
Sindikati su se pak žalili zbog nezakonitih zapošljavanja, a iza Borasa ostale su i optužbe da je novac za znanstvene projekte isplaćivao sam sebi. Sve zajedno – mnogo toga za rektora koji je na Sveučilište poželio vratiti biblijske vrijednosti.